El sueño de la final fue frustrado por el Arsenal F. C. que eliminó al «submarino» en semifinales tras la victoria del Arsenal en la ida, (1-0 en Highbury) y empatar sin goles la vuelta en El Madrigal (encuentro que pasó a la historia por el agónico penalti que Juan Román Riquelme falló en el descuento del partido). Bajo el mando de Pellegrini y tras una gran segunda vuelta de campeonato, el Submarino Amarillo logra el tercer puesto de la liga en la temporada 2004-05, solo por detrás del F. C. Barcelona y del Real Madrid, equipacion de españa y con Diego Forlán como Pichichi de la temporada y Juan Román Riquelme como el mejor jugador del equipo.
